Её история начинается ещё в царские времена: подготовительные работы для строительства её и ещё одной батареи были начаты в 1914 году. Для одной батареи выбрали место в устье реки Бельбек, вторую планировали построить в районе бухты Казачья на мысе Херсонес. В годы Первой мировой войны строительство этих оборонных укреплений приостановилось, и продолжить работы смогли только в первой половине 20-х годов, когда все военные и революционные бури были позади, а Черноморский флот вновь начал своё возрождение.
Вооружение этих комплексов береговой охраны составляли орудийные установки «МБ-2-12», оборудовать которыми батареи собственно и планировалось изначально. Причём артустановки 35-й батареи были укомплектованы на основе хранившейся в арсеналах артиллерийской техники. Есть данные, что это были стволы орудий с линейного корабля «Императрица Мария», хранившиеся после подъёма затопленного линкора в арсенале.
Устройство батареи было достаточно внушительным. Она состояла из двух бетонных блоков, соединённых бетонированной потерной. В каждом из блоков была установлена 305-миллиметровая двухорудийная башенная установка. Вес двухорудийной башни «МБ-2-12» достигал 1.000 тонн (в том числе 300 тонн брони). Длина башни равнялась 11,2 метрам, а высота составляла 2,25 метра. Боковая броня (толщиной 300 миллиметров) была устроена из 12-ти выгнутых по конусной поверхности листов со средней длиной 2,5 метров и соединённых согласно схеме «ласточкин хвост». Крыша башни толщиной 200 миллиметров, состоявшая из 6-ти броневых листов, соединённых болтами с боковыми плитами при помощи уголков и стальных фасонных балок. На крышу башни были выведены три бронированных перископа (большой прибор – по левой кромке башни и два малых по обеим сторонам стволов). Каждый башенный блок имел по два снарядных и по два зарядных погреба, на стеллажах которых умещалось 800 снарядов и 1600 полузарядов.
Бетонированный массив каждой башни был в длину около 100 метров, ширину – 50 метров и имел общую площадь – 5.000 квадратных метров. Башни, опираясь посредством шариков на массивную цилиндрическую стальную плиту, могли поворачиваться на 360°. Орудия, с длиной ствола 15,32 метров и весом 53 тонны каждое, наводились на цель независимо друг от друга. Каждое орудие имело свой подъемник для снарядов и зарядов. Повороты башен, возвышение орудия и подача снарядов осуществлялись электромоторами. При этом, каждая башня питалась от собственной электростанции (имевших 2 дизель-генератора общей мощностью 370 киловатт.).
Внутри массива батареи были расположены помещения для жилья и склады, камбуз (с электроплитами и холодильной камерой), медпункт, клуб, баня. Личный состав батареи в мирное время размещался в жилом городке, построенном в 3,5 километрах от огневой позиции.
Командный пост, дальномер и радиостанция размещались в 500 метрах от артустановок, соединяясь подземным ходом. К бронебашням был проложен рельсовый путь. Вся позиция батареи опоясывалась минным полями и проволочными заграждениями вокруг достаточно глубокого рва. Личный состав батареи состоял из 300 человек по штату и 120 пехотинцев круговой обороны.
Подразделения 11-й армии Манштейна начали штурм Севастополя в конце октября – начале ноября 1941 года. Уже 7 ноября артиллеристы 35-й батареи осуществили первые выстрелы, целью которых была 132-я немецкая пехотная дивизия, наступавшая в направлении хутора Мекензи (сегодня это железнодорожная станция Мекензиевы горы). За два месяца боёв артиллеристы произвели более 300 выстрелов каждым орудием, (а технологическая норма не предусматривала более 200 выстрелов). Орудийные стволы сильно износились и требовали срочного ремонта, и в декабре начались работы по замене орудийных стволов 1-й башни (на время работ выстрелы производила только 2-я башня).
Во время второго штурма Севастополя (с 17 декабря) батарея вела мощный обстрел позиций вермахта, и тут не повезло 2-й башне: из-за преждевременного выстрела (воспламенение порохового заряда, в момент неполного закрытия затвора) она взорвалась и была выведена из строя. При этом погибло 40 человек орудийной команды. После взрыва, в течение двух с половиной месяцев руками рабочих Севастопольского Морского завода им. С. Орджоникидзе 2-я бронебашня была восстановлена.
Боевой героизм, проявляемый войсками Черноморского флота и Приморской армии, оборонявших Севастополь, однако не помог удержать город – к маю 1942 года его участь была решена.
К началу третьего немецкого штурма Севастополя здесь были сосредоточены значительные силы. С моря проход к городу блокировали 6 подводных лодок, 19 торпедных катеров и 40 сторожевых катеров. На крымских аэродромах располагалось более 500 самолётов (в том числе 150 пикирующих бомбардировщиков ударного авиакорпуса Рихтгофена).
При подавляющем превосходстве живой силы и техники, 11-я германская армия Манштейна всё более теснила защитников основной базы Черноморского флота. Достаточно красноречивы вот какие цифры: за 25 дней штурма по советским позициям было выпущено 30 000 тонн снарядов. Авиация немцев произвела за это время 25 000 боевых вылетов, сбросив 125 000 авиабомб.
5 и 14 июня 30-я батарея, руководимая с начала войны капитаном К. А. Александером, получила в результате боёв тяжелые повреждения. После прямых попаданий 600-миллиметровых снарядов немецкой осадной пушки, башни 30-й батареи были выведены из строя и разруше¬ны. Батарея оказалась в окружении германской пехоты. Советские бойцы, подпус¬тив её на 500 метров, буквально жгли порохом, прямой наводкой уцелевших зенитных пушек.
Отныне 35-я батарея оставалась единственным резервом тяжелой артиллерии Севастопольского Оборонительного Района (СОР). Немецкая авиация наносила ожесточенные удары по её массиву и 23 июня из строя вышла 1-я бронебашня. В течение 23–27 июня артиллеристы батареи уничтожили до двух взводов немецкой пехоты, был подавлен огонь вражеской батареи. В самой 35-й батарее оставалось немного более 100 снарядов.
К концу июня на территории батареи дислоцировались командные пункты Приморской армии и СОР.
Вот какую шифрограмму в адрес Народного комиссара ВМФ командующий СОР вице-адмирал Ф. С. Октябрьский отправил 30-го июня: «Противник прорвался с Северной стороны на Корабельную сторону… Оставшиеся войска устали (дрогнули), хотя большинство продолжает героически драться. Противник усилил нажим авиацией, танками. Учитывая сильное снижение огневой мощи, надо считать, в таком положении мы продержимся максимум 2—3 дня. Исходя из данной конкретной обстановки, прошу Вас разрешить мне в ночь с 30 июня на 1 июля вывезти самолетами 200—500 человек ответственных работников, командиров на Кавказ, а также, если удастся, самому покинуть Севастополь, оставив здесь своего заместителя генерал-майора Петрова». Разрешение на срочную эвакуацию командного состава было получено.
После окончания последнего заседания военсоветов СОР и Приморской армии Ф. С. Октябрьский (другие источники говорят, что это был генерал-майор Моргунов) приказал командиру батареи А. Я. Лещенко организовать эвакуационное прикрытие и после израсходования боевых запасов батареи взорвать все орудия. В ночь на 1 июля командование СОР и Приморской армии вылетело из Севастополя. На мысе Херсонес и территории 35-й батареи, остались тысячи офицеров, солдат и матросов, в подземных коммуникациях оставалось 23 000 раненых…
1-го июля 2-я башня батареи произвела обстрел практическими снарядами немецкой 72-й пехотной дивизии, которая атаковала в районе мыса Фиолент (боевых снарядов уже не было). Последний раз артиллерия 35-й батареи нанесла шрапнельный удар в упор по врагу в район Камышовой балки. А уже в ночь с 1-го на 2-е июля были подорваны обе башни и силовая станция. Большинство помещений орудийных блоков и потерны разрушены не были и вплоть до 12 июля 1942 года продолжали служить укрытием для последних сопротивлявшихся защитников Севастополя.
На время оккупации Севастополя в казематах батареи немецкие войска оборудовали госпиталь и командный пункт командующего 17-й немецкой армии генерала Альмендингера. Освобождена героическая батарея от захватчиков была только 12 мая 1944 года…
До сих пор спорной страницей в обороне Севастополя является факт эвакуации командного состава СОР и Приморской армии, при том, что рядовые офицеры, солдаты и матросы были брошены фактически на погибель в районе 35-й батареи. В книге Г.Л.Ванеева «Черноморцы в Великой Отечествен¬ной войне» эти трагические обстоятельства описываются так: «В ночь на 1 июля 1942 года с аэродрома Херсонеский маяк уходили последние самолеты ПС-84 Московской авиагруппы особого назначения, переброшенной для эвакуации защитников Севастополя…» И там же: «Всего на 13 транспортных самолетах было вывезено на Кавказ 222 человека и 3490 килограмм груза». В 3 часа ночи 1-го июля от пристани 35-й батареи отошла ПЛ «Щ-209» (командир капитан-лейтенант В.И. Иванов) с командующим Приморской армией. Утром оттуда же ушла ПЛ «Л-23» (командир капитан 2 ранга И.Ф. Фартушный) с руководителями городского комитете обороны. Руководил этой эвакуацией Начштаба Черноморского флота. контр-адмирал И.Д. Елисеев. Утром этого же дня Елисеев направил генерал-майору Новикову и капитану 3 ранга Ильичеву такую телеграмму: «По приказанию командования Черноморским флотом «Дугласы» и морская авиация присланы не будут. Людей сажать на БТЩ, СКА и ПЛ, больше средств не будет, эвакуацию на этом заканчивать»…