Равновесие сил на Ближнем Востоке было недолгим. 20 ноября 1805 года в «Битве трех императоров» русско-австрийские войска были разбиты французскими силами. III антифранцузская коалиция потерпела поражение. В Порте стали подумывать над тем, чтобы пересмотреть свою ориентацию с России на победителя великих держав Европы – Наполеона. В результате Париж смог толкнуть Турцию на войну с Россией. Французские дипломаты пугали турок, что русские завоюют Балканский полуостров. Аналогичную работу вели и в отношении Австрии, пугая Вену «русской угрозой». Стамбул отправил в отставку правителей Молдавии и Валахии – Александра Музури и Константина Ипсиланти, хотя смещение и назначение новых владык можно было проводить только с согласия Петербурга. Российская империя ввела в княжества 40 тыс. армию под командованием Ивана Михельсона. Де-факто военные действия начались осенью 1806 года, а официально Стамбул объявил войну России только 18 декабря. Война была очень длительной – она продолжалась до мая 1812 года, когда был подписан Бухарестский мирный договор. Это было связано с тем, что боевые действия сменялись довольно продолжительными перемириями и переговорами.
Во время этой войны Россия серьёзно укрепила своё положение на Балканах. Так, в 1807 году началось сербское восстание, сербы при поддержке русских сил взяли Белград, и Сербия перешла под протекторат Российской империи (после войны Сербия получила статус внутренней автономии в составе Османской империи).
Отношение же Франции к этой войне и Османской империи изменилось после Тильзитских соглашений 1807 года. Первоначально, когда прусский канцлер Гарденберг предложил разделить европейские владения Турции, Наполеон встретил этот план холодно – Франция была союзником султана Селима III (апрель 1789 — 29 мая 1807 года). Лишь после того, как из Стамбула пришло сообщение о том, что союзник Франции Селим свергнут, Наполеон вернулся к обсуждению восточного вопроса и дал согласие на присоединение к России Молдавии и Валахии. По условиям Тильзитского мира Наполеон взял на себя функции посредника между Турцией и Россией. 12 августа 1807 года Порта приняла сделанное генералом Михельсоном предложение о перемирии сроком до 3 марта 1809 года.
Готовясь к переговорам с турками, Россия составила ряд условий. По ним в состав России должны были войти не только Молдавия и Валахия, ряд территорий на Кавказе, но и Стамбул-Константинополь. Сербия должна была получить независимость. Но тут интересы России вошли в противоречие с планами Наполеона: в марте 1808 года во время обмена мнениями между российским министром иностранных дел Николаем Румянцевым и французским послом Арманом Луи де Коленкуром выяснилось, что Франция сама претендует на Дарданеллы. Естественно, в Париже не хотели, чтобы Россия утвердилась на Босфоре. В дальнейшем Франция не смогла (или не хотела?) выполнить свои функции посредника в полной мере.
В столице Франции при посредничестве Наполеона начались переговоры об окончательном мире между Россией и Турцией, но сначала их прервал отъезд императора в Испанию. В начале 1808 года новый раунд переговоров прервал очередной переворот в Турции, султаном провозгласили Махмуда II. После встречи Александра и Наполеона в Эрфурте (шла с 27 сентября по 14 октября 1808 года) переговоры возобновились. Петербург в конце 1808 года направил в Стамбул проект мирного договора. По нему Сербия получала независимость, границей между Россией и Турцией становилась река Дунай, турки были должны согласиться с территориальными изменениями на Кавказе. Турецкое правительство склонялось принять эти условия, но вскоре ситуация в корне изменилась. Порта стала склоняться к союзу с Англией и Австрией. Британцы выделили субсидии для укрепления турецких вооружённых сил. Лондон был заинтересован в том, чтобы Россия продолжала войну с Турцией и Персией, так как Петербург стал союзником Парижа. 12 марта 1809 года Петербург получил султанский фирман с объявлением войны.
Русская армия довольно долгое время не могла добиться решающего перелома в войне. Россия не могла сосредоточить на Дунайском фронте большую ударную группировку. На Кавказском фронте приходилось противостоять одновременно Турции и Персии. Значительные силы были отвлечены на войну со Швецией (1808—1809). К тому же большие силы приходилось держать на границе с Австрией – Россия как союзник Франции объявила войну Вене и послала на русско-французскую границу 20 тыс. корпус (он занял Краков и часть Галиции).
В дальнейшем, после того как отношения с Францией стали стремительно ухудшаться, Петербургу пришлось держать большие силы на западном стратегическом направлении. Так, в начале 1811 года командующий Дунайской армией граф Каменский II был вынужден отдать почти половину своих сил – пять дивизий, чтобы усилить силы, прикрывавшие западные границы. К тому же на Порту давила уже не только Британия, но Франция, Австрия, они хотели, чтобы турки продолжали войну с Россией. Восточный вопрос для Петербурга из приоритетного отходил на второй план. Проблема войны с Францией опять вышла на первое место во внешней политике России. В то же время России теперь надо было заключить мир с Турцией как можно быстрее, не раздражая противника слишком большими требованиями, вроде уступки Константинополя.
Сложную задачу принуждения Турции к миру должен был решить Михаил Илларионович Голенищев-Кутузов. Он прибыл в Бухарест в начале апреля. Задача была действительно тяжёлой: у него оставалось 30-45 тыс. человек против 70-100 тыс. армии противника. К тому же русские войска были разбросаны на значительном расстоянии, занимая различные укрепления. Кутузов стянул большую часть армии в единый кулак. 22 июня 1811 года в сражении при Рущуке, имея 15-20 тыс. солдат против 60 тыс. турок, он нанёс врагу сокрушительное поражение. Затем полководец преднамеренно отвёл свои силы на левый берег Дуная, заставив турков преследовать себя и оторваться от баз. Кутузов смог блокировать переправившуюся через Дунай под Слободзеей часть турецкой армии. Он также в начале октября послал 7 тыс. отряд генерала Маркова через Дунай для того, чтобы атаковать оставшихся на западном берегу турок. Марков внезапно обрушился на неприятельские силы, турки запаниковали и побежали, их лагерь был захвачен. Марков установил на правом берегу Дуная артиллерийские батареи и стал громить лагерь визиря на левом берегу. Прибытие русской Дунайской флотилии окончательно прервало сообщение турок с правым берегом. Скоро в окружённом турецком лагере начались голод и болезни, Ахмед-ага скрытно покинул армию. Он оставил вместо себя пашу Чабан-оглу. 23 ноября 1811 года Чабан-оглу сдал Михаилу Кутузову 35-тыс. армию с 56 пушками. После военной катастрофы под Слободзеей Стамбул был вынужден начать мирные переговоры.
Во время переговоров с Турцией русские представители пытались убедить турков, что Россия в настоящее время представляет для них меньшую опасность, чем Франция. В случае успеха в готовящейся войне с Россией Наполеон осуществит свои планы раздела европейских владений Османской империи. Французская дипломатия старалась помешать заключению мира. Наполеон обратился к султану Махмуду II с предложением заключить союзный договор. Османская империя должна была принять участие в походе против России, выставить 100 тыс. армию. За это французский император обещал вернуть туркам все владения, потерянные в русско-турецких войнах второй половины 18 столетия. Но в этот период изменилось отношение Лондона к войне России и Турции. Петербург опять становился врагом Франции и главной ударной силой в борьбе с Наполеоном. Британский посол в Константинополе предупредил турецкое правительство, что если Османская империя станет союзником Франции, английский флот нанесёт удар по столице Турции.
16 (28) мая 1812 года в Бухаресте был подписан мирный договор между Российской и Османской империей. Со стороны России главным уполномоченным был Михаил Илларионович Кутузов, со стороны Турции Ахмед-паша. К России была присоединена восточная часть Молдавского княжества — территория Пруто-Днестровского междуречья (она получила название Бессарабия). Граница между империями устанавливалась по реке Прут. На Кавказе Россия вернула туркам Анапу, Поти и Ахалкалаки, а Сухуми и другие населённые пункты, приобретённые Россией в результате добровольного перехода в русское подданство правителей Западной Грузии, остались в составе Российской империи. Дунайские княжества сохраняли свои привилегии, Сербия получала внутреннюю автономию, которая положила начало её независимости. Россия предлагала и союз туркам. Но Порта отказалась.
Это был большой успех в преддверии новой войны с Французской империей. Была обеспечена безопасность границ на Кавказе и юго-западных рубежей Европейской России. Петербург был избавлен от необходимости вести войну на два фронта с сильными врагами. Александр отлично понимал всю важность этого события и писал Кутузову: «Величайшую услугу вы окажете России поспешным заключением мира с Портой… Слава вам будет вечная».
В тот период, когда Кутузов вёл переговоры с турками, у Александра I возник план использования славянских народов Балканского полуострова, а также венгров в борьбе против Франции и Австрии, которая после поражения в войне 1809 года стала союзником Наполеона. Суть плана состояла в том, чтобы русские силы заняли Сербию, Боснию, Далмацию и Кроацию (Хорватию) и начали формировать славянские полки. Ополчения славянских народов, подкреплённые русскими регулярными войсками, должны были наступать в направление Триеста (для установления связи с английскими Военно-морскими силами) и Тироля. В Тироле была надежда, что к национально-освободительной борьбе славян присоединятся швейцарцы и тирольцы. На Дунай был отправлен адмирал Павел Чичагов. Русский император поручил ему не скупиться на обещания представителям славянских народов. В данной адмиралу инструкции говорилось: «Всё, что может возвысить дух славянских народов, должно быть употреблено главнокомандующим, как-то: обещание независимости, восстановление славянского царства и прочее». Когда «Великая армия» французского императора Наполеона уже вторглась в пределы Российской империи, адмирал Чичагов предложил занять Константинополь. Но Александр не решился на такой решительный шаг. Он написал адмиралу, что этот вопрос будут отложен на будущее время. К нему вернутся после того, как в войне с Наполеоном будет виден перелом. После победы над французами «мы будем в состоянии тотчас же возвратиться к нашему плану относительно турков и провозгласить тогда или славянскую или греческую империю». Упомянул об идее создания «славянской империи» Александр и позже, когда приказывал Чичагову направить войска к Днестру, а затем к Дубно, чтобы организовать наступление на Пинск, или на Люблин и Варшаву (эта операция должна была поставить Великую армию Наполеона в затруднительное положение).