Каракозова казнили, но это происшествие возбудило общество. Со всех концов России пошли телеграммы и письма с выражением радости о том, что император не пострадал, но некоторые (наиболее молодая и активная часть интеллигенции) возвели Каракозова в ранг мученика. «Его выстрел не мог не действовать возбуждающим образом на тех, кто мечтал о борьбе и лучшем будущем…», – писал современник. «Пусть вся Россия распинается в преданности царю и подносит ему адреса и иконы, а Каракозов все-таки наш, наша плоть, наша кровь, наш брат, наш друг, наш товарищ!», – писала корреспонденту Е. Брешковская.
А.И. Герцен оценил поступок Каракозова резко отрицательно: «Только у диких и дряхлых народов история пробивается убийствами», – так написал он в «Колоколе» через две недели после покушения.
Эти слова навсегда лишили его революционного лидерства в эмиграции. А.А. Серно-Соловьевич ответил: «Нет, г[осподин] основатель русского социализма, молодое поколение не простит вам отзыва о Каракозове, – этих строк вы не выскоблите ничем». Таким образом, налицо разделение России на два лагеря: сторонников терроризма как метода борьбы с самодержавием и противников таких действий.
Как все начиналось? Н. Ишутин, студент, двоюродный брат Каракозова, организовал кружок, который ставил своей целью «устроить государство на социалистических идеях». Таких кружков в России в то время было множество, и почти все они выбрали не очень оригинальный путь – убийство царя и систематический террор. Но у большинства дальше разговоров и бурных споров на эту тему дело не шло, а скромный и до того не заметный Д. Каракозов перешел от слов к делу. Его поступок не был оценен однозначно как преступление. И мало кто в то время увидел в его действиях симптом начала опасного заболевания общества терроризмом.
Создается впечатление, что Каракозов, поделившийся своими планами цареубийства с Ишутиным и другими членами кружка и не получивший у них одобрение своему намерению, совершил свой поступок чисто из спортивного азарта и последующего интереса: что будет после этого? После покушения у Каракозова нашли прокламацию, с которой он обращался к «друзьям-рабочим: «Цари-то и есть настоящие виновники всех наших бед. Когда и самая воля вышла от царя, тут я увидел, что моя правда. Воля вот какая: что отрезали от помещичьих владений самый малый кус земли, да и за тот крестьянин должен выплатить большие деньги, а где взять и без того разоренному мужику денег, чтобы откупить себе землю, которую он испокон веков обрабатывал? Не поверили в те поры и крестьяне, что царь их так ловко обманул; подумали, что это помещики скрывают от них настоящую волю, и стали они от нее отказываться да не слушаться помещиков, не верили и посредникам, которые тоже все были из помещиков. Прослышал об этом царь и посылает своих генералов с войсками наказать крестьян-ослушников, и стали эти генералы вешать крестьян да расстреливать. Присмирели мужички, приняли эту волю-неволю, и стало их житьишко хуже прежнего. Грустно, тяжко мне стало, что так погибает мой любимый народ, и вот я решился уничтожить царя-злодея и самому умереть за мой любезный народ.Удастся мне мой замысел — я умру с мыслью, что смертью своею принес пользу дорогому моему другу — русскому мужику. А не удастся, так всё же я верую, что найдутся люди, которые пойдут по моему пути. Мне не удалось — им удастся. Для них смерть моя будет примером и вдохновит их…».
На следствии Каракозов выдал всех из ишутинского кружка. Стало известно, что все участники кружка имели при себе яд, чтобы принять его в случае ареста, но никто этим не воспользовался.
Следствие шло до сентября и внезапно прекратилось. Это было связано с ожидающимся приездом 14 сентября из Дании невесты цесаревича Александра, чтобы не омрачать торжество. Каракозова представили террористом-одиночкой, хотя он не взял назад свои показания. В тоже время еще до начала суда сооружалось по распоряжению царя 11 виселиц – по количеству подозреваемых в покушении. 3 сентября Каракозову вынесли обвинительное заключение и в этот же день повесили.
После казни Каракозова семья изменила свою фамилию (Владимировы).
Остальных обвиняемых (34 чел.), в основном членов организации «Ад», судили отдельно, но не в связи с покушением Каракозова, а в связи с их революционной деятельностью. По делу Каракозова всего было привлечено 197 человек; в их числе и соратники Чернышевского, участники первой «Земли и Воли»: А.Д. Путята, П.Л. Лавров, литераторы В.С. Курочкин, Г.Е. Благосветлов, Д.И. Писарев, В.А. Зайцев; М.А. Антонович. Никто не был казнен, но некоторых отправили на каторгу. Ишутина приговорили к повешению, соорудили виселицу, собрали 4 октября 1866 года (ровно через полгода после покушения) толпу народа и, надев петлю на шею осужденного, объявили о царском милосердии. Ишутин сошел с ума и умер на каторге в 1879 году.
Александр II публично заявил: «Бог спас меня, доколе я Ему буду нужен, Он будет меня охранять. Если Его воле угодно будет меня взять, это свершится».
Молодой И.Е. Репин вместе с художником Н. Мурашко присутствовал на казни Каракозова, она произвела на него тяжелое впечатление. Он оставил об этом свои воспоминания: Казалось, он не умел ходить или был в столбняке; должно быть, у него были связаны руки. Но вот он, освобожденный, истово, по-русски, не торопясь, поклонился на все четыре стороны всему народу. Этот поклон сразу перевернул все это многоголовое поле, оно стало родным и близким этому чуждому, странному существу, на которого сбежалась смотреть толпа, как на чудо. Может быть, только в эту минуту и сам «преступник» живо почувствовал значение момента — прощение навсегда с миром и вселенскую связь с ним.
Палачи подвели Каракозова под виселицу, поставили на скамейку и надели веревку… Затем палач ловким движением выбил подставку из-под ног.
Каракозов плавно уже подымался, качаясь на веревке, голова его, перетянутая у шеи, казалась не то кукольной фигуркой, не то черкесом в башлыке. Скоро он начал конвульсивно сгибать ноги — они были в серых брюках. Я отвернулся на толпу и очень был удивлен, что все люди были в зеленом тумане… У меня закружилась голова, я схватился за Мурашко и чуть не отскочил от его лица — оно было поразительно страшно своим выражением страдания; вдруг он мне показался вторым Каракозовым. Боже! Его глаза, только нос был короче…».
Сразу же после казни Репин сделал карандашный набросок Каракозова.