Элайджа Вуд родился в городе Сидар-Рапидс штата Айова и был средним из трёх детей Уоррена и Дэбби Вуд. У Элайджи австрийские, немецкие, датские и английские корни. Он является католиком. В детстве Элайджа брал уроки игры на фортепиано у Марлены Лофтсгарден в родном городе. Он был очень энергичным ребёнком, поэтому его часто называли Spark Plug, а также «Обезьянкой», потому что он любил везде лазать. У него есть брат, Зак Вуд, продюсер видеоигр (родился в 1974 году), и сестра, Ханна Вуд (родилась в 1984 году), поэтесса и актриса (она играла небольшие роли в некоторых фильмах Элайджи). Когда Элайджа начал сниматься в кино, его семья переехала из Айовы в Лос-Анджелес. В 1996 году его родители развелись, и отец вернулся в Айову. Долгое время Элайджа жил в Лос-Анджелесе и позже в Нью-Йорке.
До того, как его семья переехала в Лос-Анджелес в 1988 году, Вуд был моделью. Затем он впервые снялся в видео для Полы Абдул, «Forever Your Girl» режиссируемом Дэвидом Финчером. Начал свою актёрскую карьеру в младшей школе, участвуя в постановке «Звуки музыки». В следующем году он сыграл в постановке «Волшебник страны Оз». Дебют в кино — эпизодическая роль в фильме «Назад в будущее 2» (1989). Но только роль сына Эйдена Куинна в фильме Барри Левинсона в 1990 году «Авалон» — третий фильм кинотрилогии Baltimore, состоявшей, помимо этого, из фильмов «Забегаловка» (1982) и «Алюминиевые человечки» (1987) — впервые привлекла внимание к молодому актёру, потому что фильм получил хорошие отзывы критиков и был номинирован на кинопремию «Оскар». Роджер Эберт в своей рецензии сказал: «Появился Элайджа Вуд, и я верю, что это самый талантливый актёр его возраста за всю историю Голливуда».
После небольшой роли в фильме Ричарда Гира «Внутреннее расследование» (1990), Вуд получил свою первую значительную роль. Это была роль в фильме «Рай» (1991), в котором он сыграл мальчика, воссоединившего семью (Мелани Гриффит и Дон Джонсон). Он получил хорошие рецензии за свое исполнение, некоторые критики говорили, что он был одним из лучших в кинофильме. Затем он получил роль в фильме «Вечно молодой» вместе с Мэлом Гибсоном и Джейми Ли Кёртис, и в фильме «Стремящийся ввысь» с Ричардом Мазелло (оба фильма вышли в 1992). В 1993 году Вуд снимался с Маколеем Калкиным в фильме «Хороший сын», но картина не имела успеха у зрителей. Характер героя, исполняемых актёром: задумчивый, с хорошими намерениями, и иногда немного озадаченный. Следующим фильмом с Вудом, снятым в том же году, был «Приключения Гекльберри Финна»; этот персонаж Вуда сильно отличался от предыдущих его ролей, но в фильме «Война» (1994), c Кевином Костнером он снова вернулся к привычному образу.
Также в 1994 году Вуд сыграл главную роль в фильме «Норт». Этот фильм получил массу отрицательных отзывов, и билеты на него плохо продавались. Следующая роль Вуда «Флиппер» имела гораздо больший успех, также, как и сам фильм режиссёра Энга Ли «Ледяной ветер» (1997). Вуд замечательно исполнил роль задумчивого, эмоционально неподвижного и немного сбивчивого Мики Карвера. В 1998 году появились «Столкновение с бездной» и «Факультет». В этих фильмах роли Элайджи не обладали привычной эмоциональной наполненностью и развитием характеров, но кинофильмы имели успех в прокате и внесли свой вклад в дальнейшую карьеру актёра.
