Родился в 1743 году. Образование получил в Женеве, намеревался стать коммерсантом, однако впоследствии отказался от этой карьеры. Обладатель блестящего ума и огромного личного обаяния, Якоби играл важную роль в литературных и философских собраниях. Благодаря встрече с Лессингом в 1779 году занялся философией Спинозы. В полемике с М. Мендельсоном о пантеизме Спинозы выступил против «рассудочного» рационализма. Согласно Якоби, «рассудочное мышление» не в состоянии открыть в человеке изначальный и безусловный источник его личности и присущей ей свободы и неизбежно ведёт к натурализму, атеизму и детерминизму (Спиноза) или субъективному идеализму (И. Кант).
В 1785 году Якоби опубликовал «Письма об учении Спинозы», адресованные М. Мендельсону. Эта книга, оказавшая огромное влияние на развитие немецкой философии, сделала его известным.
Якоби был дружен с Гете и Виландом. С 1807 по 1812 год был президентом Баварской Академии наук. Он автор романов «Из писем Эдуарда Альвиля» и «Вольдемар», многочисленных полемических сочинений на философско-религиозные темы, оставил большое эпистолярное наследие. Основной мотив сочинений Якоби — демонстрация ограниченности, беспочвенности и моральной несостоятельности рационализма.
Оценку романтического идеализма Якоби высказал в язвительных памфлетах против И.Г. Фихте и раннего Ф.В.Й. Шеллинга, где охарактеризовал этот тип философии как «перевернутый солипсизм» и «нигилизм» (этот термин появился впервые). Различным версиям рационализма противопоставлял апологию непосредственного знания, которое называл «чувством», «верой», «откровением». Философия Якоби подчеркивает, в противовес рациональной и субъективной традиции Канта и Спинозы, значение интуитивного и чувственного.
