Генри Мортон Стэнли родился в городке Денби в Уэльсе. Он был незаконнорожденным ребенком 18-летней дочери бедного фермера Бетси Пэрри и Джона Роулендса, сына богатого фермера, жившего по соседству. Чтобы поступить на работу, матери Генри пришлось отдать сына на воспитание в семью соседнего фермера Прайса, где маленький Джон прожил несколько лет. В детстве ему дали имя Джон Бэч. В дальнейшем он сменил свою фамилию на Роулендс. Когда Бэтси не могла больше выплачивать деньги за воспитание сына, Джона отдали в работный дом в Сент-Азафе, где ребёнок остался на общественном попечении. Здесь царила тюремная дисциплина. Свободолюбивый Генри не один раз попадал в конфликтные ситуации. В работном доме Джон пробыл до пятнадцати лет. В 1856 году его взяла к себе тётка и поручила пасти своих овец. Но Джон уже грезил Америкой, где он мог сделать карьеру, разбогатеть и вырваться из нищеты.
В 17 лет Генри поступил юнгой на корабль и попал в Новый Орлеан. В Новом Орлеане юноша нашёл место в одном из торговых предприятий Генри Стэнли, купца с «мягким сердцем и твёрдым черепом», который отнёсся к нему как к сыну. Почерк Джона понравился купцу, и тот принял его в свою лавку. У Стэнли Джон прослужил три года. За это время он так понравился хозяину своей расторопностью, сообразительностью и трудолюбием, что тот произвел его из «мальчиков» в старшие приказчики, а затем и усыновил его, благодаря чему Джон превратился в Генри Мортона Стэнли. В период гражданской войны в США он записался волонтёром в армию Южных штатов, что положило конец его мечтам о свободе и достоинстве. Генри М. Стэнли участвовал во всех походах армии генерала Эдварда Джонсона. В сражении под Геттисбергом (1863) он попал в плен, но ему удалось бежать.
После плена Стэнли поступил простым матросом на один из кораблей, действовавших тогда против Юга. На морской службе Стэнли пробыл три года, с 1863 по 1866 год. Штатным корреспондентом Генри Стэнли стал в 1867 году при выполнении первого большого задания — серии репортажей об «умиротворении» индейцев в западных прериях — он получил уроки обхождения с «примитивными» народами. Стэнли пришёл к выводу, что «истребление индейцев — это в первую очередь не вина белых, а в основном следствие неукротимой дикости самих красных племён». В своих очерках Стэнли демонстрировал сдержанную симпатию к мужественному врагу, изображал события захватывающе, сентиментально и в то же время поверхностно — как истинный военный журналист. Стэнли в качестве газетного корреспондента объездил Европейскую Турцию и Малую Азию. В 1868 году Генри Мортон Стенли поступил на службу к Джеймсу Гордону Беннету, издателю газеты «Нью-Йорк Геральд», имевшей самый большой в Америке тираж. Корреспондентом этой газеты он впервые попал в Африку — в качестве свидетеля колониальной войны.
Арена действий — Эфиопия, которая в отличие от Египта и Судана все ещё отстаивала свою независимость. А с предстоящим открытием Суэцкого канала страна приобретала особое значение. Великобритания в 1867 году отправила в Эфиопию экспедиционный корпус, который уже через год вырос до 40 000 солдат. Эфиопская авантюра стоила не менее девяти миллионов фунтов и завершилась тем, что эфиопский император покончил жизнь самоубийством в крепости Мэкдэла. Было убито семьсот и ранено тысяча пятьсот эфиопов; с британской стороны было двое убитых и несколько раненых. Об этом победоносном походе и сообщил Стэнли, да так захватывающе, что взбудоражил американских читателей. Он давал такую оперативную информацию, что сообщение о взятии Магдалы появилось в «Геральд», когда британское правительство ещё ничего об этом не знало. Ловкий журналист подкупил в Суэце телеграфиста, чтобы тот передал его телеграмму первой. B 1871 году Стэнли отправился по поручению издателя «Нью-Йорк Геральд» разыскивать в Центральной Африке Ливингстона, от которого с 1869 года не было известий.
Отправившись в январе месяце 1871 года из Занзибара в сопровождении большого отряда из туземцев, Стэнли преодолел чрезвычайные препятствия на пути, на котором ещё не ступала нога европейца, и достиг 3 ноября Уджиджи на озере Танганьика, где нашёл Ливингстона. Стэнли поприветствовал Ливингстона фразой, которая впоследствии станет всемирно известной: «Доктор Ливингстон, я полагаю?». Вместе с Ливингстоном Стэнли обошёл северную часть озера Танганьика и в феврале 1872 года пришёл в Уньяньембе. Оставив здесь Ливингстона, Стэнли вернулся в Занзибар. Свое путешествие он описал в привлекшей всеобщее внимание книге «How I found Livingstone».
В 1873—1874 годах Стэнли участвовал в качестве корреспондента в английском походе против короля ашантиев Коффи Калкали и описал этот поход в книге: «Coomassie and Magdala». В 1874 году Стэнли на средства издателей газет «Нью-Йорк геральд» и лондонского «Дэйли телеграф» отправился в новое путешествие по Центральной Африке. С отрядом в 300 человек он вышел из Багамойо в ноябре 1874 года и в феврале 1875 года достиг озера Укереве (Виктория Ньянза). В январе 1876 года он отправился в столицу Уганды; отсюда, получив от царя Уганды отряд в 2 000 человек, Стэнли направился через враждебную к европейцам страну Униоро к озеру Альберт Ньянза. Вскоре он встретил обширное озеро, которое сперва принял за озеро Альберт (Мвутан), но впоследствии оказалось, что это неизвестное ещё озеро, названное им Альберт-Эдуард; это было подтверждено во время его путешествия 1889 года. Повернув к озеру Укереве, он исследовал реку Кагеру, объехал озеро Танганьика и исправил его карту. Продолжая путь на запад, Стэнли достиг Ньангве, откуда пустился в плавание по реке Луалабе. После очень опасного вследствие множества водопадов и порогов пути Стэнли достиг в августе 1877 года устья реки Конго. Таким образом, он пересёк Африку с востока на запад и открыл более 5 000 км судоходного пути, ведущего в самую глубь материка. Своё путешествие он описал в книге «Through the Dark Continent».
В 1887 года Стэнли на средства египетского правительства предпринял путешествие для освобождения Эмина-паши. 30 апреля 1887 года в сопровождении отряда занзибарцев, суданцев, сомалийцев, семи офицеров, врача и слуг, общей численностью в 800 человек, он отправился из Стэнлипуля по реке Конго до впадения в неё Арувими, а оттуда сначала по последней, затем через первобытный лес; после полного опасностей пути достиг Кавалли, на берегу озера Альберт. Лишь 29 апреля 1888 года Стэнли встретился с Эмином-пашой. Поскольку отряд его сильно уменьшился, Стэнли решился вернуться назад до Баналья на реке Арувими, где им оставлен был арьергард; но в его отсутствие начальник арьергарда, майор Бартлот, был убит взбунтовавшимися туземцами, и Стэнли нашёл остатки отряда в очень бедственном положении. Тогда он направился вновь к озеру Альберт-Ньянза, оттуда к озеру Альберт-Эдуард и, наконец, через Карагве и Уньямвези достиг Багамойо (5 декабря 1889 года), где был встречен майором Висманом. Это третье путешествие Стэнли описал в книге «In darkest Afrika» .
В конце ноября 1897 года в Дурбане, в отеле «Роял», Генри Стенли, только что вернувшийся из Претории, встречался со знаменитым морским путешественником — Джошуа Слокамом, впервые в одиночку совершившим кругосветное плавание на шлюпе «Спрей». Эта встреча двух выдающихся путешественников описана самим Джошуа Слокамом в его книге «Один под парусами вокруг света».