Лишь в зрелые годы Юрий узнал, кто его настоящий отец. Впрочем, и отчима Нагибина — Марка Левенталя, который работал в Москве адвокатом, в 1927 году сослали в республику Коми (там он и умер в 1952). Нагибин ездил к отчиму втайне от своих знакомых и друзей.
Вот что он пишет в своем дневнике по этому поводу в 1952 году: «Я должен быть ему (Марку Левенталю) благодарен больше, чем любой другой сын — своему отцу, кормившему, поившему, одевавшему его. Я его кормил, поил, одевал. В этом отношении мое чувство совершенно свободно. Но благодаря ему я узнал столько боли всех оттенков и родов, сколько мне не причинили все остальные люди, вместе взятые. Это единственная основа моего душевного опыта. Всё остальное во мне — дрянь, мелочь».
Вторым отчимом стал Яков Рыкачев, оказавшийся первым литературным учителем, сумевшим пробудить вкус к словесному творчеству.
В 1938 году Нагибин окончил школу с отличием и поступил в Московский медицинский институт. Большого интереса к медицине у него не возникло, и Юрий перешел на сценарный факультет ВГИКа. Окончить институт не удалось.
В начале войны институт эвакуировали в Алма-Ату, а Нагибин был призван в армию и осенью 1941 года отправлен на Волховский фронт. Все впечатления и наблюдения фронтовой жизни позже вошли в его военные рассказы.
В ноябре 1942 года Нагибин был контужен, вернулся в Москву и до конца войны работал в газете «Труд». Как корреспондент побывал в Сталинграде, под Ленинградом, при освобождении Минска, Вильнюса, Каунаса. В 1943 году выпустил сборник прозаических произведений «Человек с фронта» и был принят в Союз писателей.
Корреспондентские впечатления вошли в рассказы, составившие сборники «Большое сердце», «Две силы» и другие.
После окончания войны занимался журналистикой, но не оставлял и работы над прозой. Середина 1950-х годов была очень плодотворной для писателя: один за другим выходят сборники его рассказов «Человек и дорога», «Чистые пруды», «Далекое и близкое», «Ранней весной».
Однажды по приглашению своего друга Нагибин едет в Мещеру на утиную охоту, и мещерская тема входит в его жизнь и творчество. Вскоре были написаны сборники рассказов: «Погоня. Мещерские были» (1963), «Зеленая птица с красной головой» (1966).
Нагибин, по оценке Андрона Кончаловского, был талантливейшим писателем, журналистом и сценаристом, но ему дорого пришлось заплатить за тёплое место под солнцем в советской системе. Большую часть своего таланта он потратил на «халтуру», вымышленную ложь, прославляющую советский строй. Такова была плата за беспартийность и материальное благополучие. Единственной отдушиной для Нагибина стал его «Дневник», который впоследствии оказался самым лучшим и самым откровенным произведением писателя.
В 1980-е годы Нагибин пишет цикл рассказов о «великих» (Гёте, Бах, Тютчев, Лесков). Много сил он отдает кино, написав сценарии таких известных фильмов, как «Председатель», «Директор», «Красная палатка», «Чайковский», «Ночной гость» и др. Работая и для телевидения, Юрий Маркович сделал ряд передач о жизни и творчестве Лермонтова, Аксакова, Анненского, Голубкиной. Он работал до последнего дня…
Умер Юрий Маркович Нагибин в Москве 17 июня 1994 года.
Уже после его смерти вышла автобиографическая проза писателя – «Тьма в конце туннеля», «Моя золотая теща».
Литератор Константин Кедров рассказывает о Нагибине: «Его лицо выглядело так, как будто какие-то сабельные удары справа и слева. Конечно, им досталось больше, чем моему поколению послевоенному. Мы войну застали только в виде развалин, а у них же одноклассники погибли, друзья близкие погибли. Печать скорби присутствует у того поколения… Я не думаю, что Нагибин искал утешения. Это не утешение, это образ вечной жизни, без которого нет русского писателя. Последняя наша встреча была где-то в 90-х годах. Он был погружен в какую-то печаль. Я эту печаль вижу во всех его вещах – и когда он о себе пишет, и когда просто идет повествование. Есть какая-то щемящая печаль, которая нам знакома еще с бунинских времен. Он ведь и начинал как ученик Бунина. Это ведь не придумаешь: нет французской печали, нет английской. Печаль – это нагибинское. Достоверное, свое родное, близкое…».
