Брайан Хью Уорнер родился в Кантоне, штат Огайо. Он был единственным ребёнком в семье торговца мебелью немецкого происхождения Хью Уорнера и медсестры Барбары Уорнер. В автобиографии The Long Hard Road out of Hell Мэнсон подробно описал сексуальные фетиши деда, которые сильно повлияли на его мировоззрение. В детстве он посещал со своей матерью Епископальную церковь, хотя его отец был католиком. Брайан ходил в среднюю школу «Наследие христианской школы» с первого по десятый класс. Позднее он переведен в обычную среднюю школу имени кардинала Гиббонса в Форт-Лодердейл, штат Флорида, которую окончил в 1987 году.
После того, как Брайан окончил школу во Флориде, он нашёл себе работу в местном музыкальном журнале. Там он исполнял функции репортера и музыкального критика, в свободное время сочиняя стихи. В 1989 году Брайан вместе с гитаристом Скотом Путески создал свою рок-группу. Он решил взять себе новое имя: Мэрилин Мэнсон, состоящее из фрагментов имён двух совершенно разных людей: кинозвезды Мэрилин Монро и маньяка-убийцы Чарльза Мэнсона. В дальнейшем другие участники группы следовали примеру лидера, выбирая себе псевдонимы по сходному шаблону (Скот Путески превратился в Дэйзи Берковица, Брайан Тютюнник — в Оливию Ньютон-Банди, Пери Пандреа — в За За Спека, и т. д.).
Первоначальное название группы — «Marilyn Manson and The Spooky Kids»: Мэнсон пел, а Берковиц выступал в качестве основного гитариста и программиста драм-машины. Самый ранний известный состав группы включал в себя: Мэрилина Мэнсона (вокал), Дэйзи Берковица (гитарист и оператор драм-машины), Оливию Ньютон-Банди (бас), За За Спека (клавишные). Ньютон-Банди и Спек вскоре ушли, а вместо них в строй встали басист Гиджет Гейн и клавишник Мадонна Уэйн Гэси.
Сначала группа выступала на разогреве у «Nine Inch Nails». Тренту Резнору понравился молодой коллектив, и он стал другом и неформальным наставником его участников. Тонко продуманная рекламная кампания сразу выдвинула на передний план лидера и вокалиста группы, оставляя в тени всех остальных. Созданный им логотип группы состоял из надписи «MARILYN MANSON», выполненной в стиле фильмов ужасов («капающим» шрифтом), выше надписи располагался нежный взгляд Мэрилин Монро, а ниже — безумный взгляд Чарльза Мэнсона. Практически сразу была выпущена серия сувениров с этим изображением; кроме того разрекламировать группу помогли обширные связи Мэнсона в журналистских кругах.
Концертные выступления группы характеризировались широким применением различных аттракционов; использовалось все, что могло усилить впечатление: бутерброды с ореховым маслом, которые разбрасывались со сцены, распятые или заключенные в клетки девушки, лысые козлиные головы, обнаженка и применение открытого пламени. У Гэси (клавишные) была маленькая кабинка, подписанная «Pogo’s Playhouse», в которой находились его синтезаторы. Берковиц мог играть в юбке, лифчике и длинном парике из светлых волос, его гитара висела очень низко и изо рта торчала сигарета, дополняя образ «плохого парня». Все это использовалось для получения максимального эффекта.
Мэнсон дебютировал в качестве актера в фильме Дэвида Линча «Шоссе в никуда», который вышел в прокат в 1997 году. В 1998 году Мэнсон снялся в фильме «Королевы убийства», в котором также снялась его подруга Роуз МакГоуэн. В 2003 году он снялся в роли Кристины в фильме «Клубная мания». В 2004 году Мэнсон появляется в фильме Азии Ардженто «Цыпочки». В 2007 году Мэнсон сыграл роль бармена в фильме «Вампирша». Также Мэнсон появлялся в документальном фильме Майкла Мура «Боулинг для Колумбины», где дал интервью. 6 октября 2010 года на американском канале The Biography Channel состоялась премьера биографического фильма о Мэнсоне и его группе, в котором приняли участие его близкие и друзья. В фильме приняли участие: Оззи Осборн, Шэрон Осборн, Элис Купер, Джонатан Дэвис, Джои Джордисон, Твигги Рамирез, Эван Рэйчел Вуд, Кит Флинт и другие. В 2013 году Мэрилин сыграл эпизодическую роль в своём любимом сериале «Блудливая Калифорния».
Брайан также известен в качестве художника. Он пишет акварелью с 1999 года по сей день. На данный момент нарисовано более 150-ти картин. Картины Мэнсона выставлялись на выставках в Москве, Лос-Анджелесе, Майами, Афинах, Париже, Берлине, Вене и в других городах. В январе 2011 года Мэнсон совместно с известным режиссёром-сюрреалистом Дэвидом Линчем выпустили совместную книгу-каталог собственных работ, которые были показаны на выставке картин Мэнсона «Genealogies of Pain», проходившей в июне-июле 2010 года в Вене, Австрия.
