Фишер родился в лондонском Ист-Финчли, в семье Джорджа и Кэти Фишер. Его отец был успешным торговцем предметами изящного искусства. Детство его было счастливым, он был обожаем тремя старшими сёстрами, старшим братом и матерью, которая умерла, когда Рональду было 14. Его отец всего 18 месяцев спустя обанкротился, проведя несколько неудачных сделок.
Хотя у Фишера было плохое зрение, он был не по годам развитым учеником и в возрасте 16 лет выиграл конкурс по математике в школе Харроу и завоевал «Neeld Medal». По причине плохого зрения его обучали математике без использования «бумаги и пера», что развило способность представлять задачу в терминах геометрии. Фишер часто удивлял своих учителей умением получать ответ, опуская промежуточные этапы.
В 1909 году он получил стипендию колледжа Гонвилл-энд-Киз в Кэмбриджском университете. В Кэмбридже он ознакомился с генетикой и законами Менделя, которые были переоткрыты в начале XX века. Рон Фишер считал биометрию с её растущим арсеналом статистических методов потенциальным средством «примирения» дискретной природы менделевских факторов наследственности с непрерывным характером изменчивости и эволюции. Его настоящей страстью стала евгеника, в которой он видел дисциплину для решения научных и социальных вопросов, которая соединяет генетику и статистику.
В 1911 году вместе с Джоном Мейнардом Кейнсом, Реджинальдом Паннетом и Г. Дарвином (сыном Чарльза Дарвина) он участвует в создании в Кэмбриджском Университете Евгенического общества. Это общество проводило ежемесячные собрания, на которых часто выступали лидеры основных евгенических организаций того времени. Колоссальный вклад был внесён им в развитие современной прикладной математической статистики. Например, основным методом оценки статистической значимости различий в таблицах типа «два-на-два» до сих пор является «точный тест Фишера».