Между императором и Шмалькальденским союзом началось война (Шмалькальденская война), продолжавшаяся два года (1546-1548 гг.) и закончившаяся победой императора. Согласно заключенному соглашению в Аугсбурге (“Аугсбургский интерим” 1548 г.), католицизм, слегка реформированный, должен был быть восстановлен во всей Германии. Однако результатами этой победы, несмотря на распад Шмалькальденского союза, император пользовался недолго. Не только протестантские князья, но и часть католических, напуганные возможностью усиления императора, заключали союз с французским королем Генрихом II и в 1552 г. начали войну против Карла V, закончившуюся победой князей. Перешедший снова на сторону князей Мориц Саксонский чуть не взял Карла V в плен. Карл уехал из Германии, поручив своему брату Фердинанду I вести переговоры с князьями. Заключенный, наконец, в 1555 г. Аугсбургский религиозный мир подтвердил завоевания протестантов в Германии и в частности положение первого шпейерского рейхстага о полной религиозной независимости князей в о том, что каждый князь определяет религию своих подданных (cujus regio ejus religio-“чья страна, того и вера”).В том же 1553 г. Карл V отрекся от престола, после того как Аугсбургский мир подтвердил фактический распад его империи. Габсбургские земли империи Карла V-австрийские владения, Чехля и часть Венгрии-перешли к его брату Фердинанду I; Испания, Нидерланды и итальянские владения перешли к его сыну Филиппу II. Итак, поражение крестьян и плебейства в Великой крестьянской войне 1525 г., последовавшая затем реакция и усиление власти князей довершили процесс распада Германской империи и обрекли ее на состояние раздробленности, закрепившееся на долгие годы вследствие общего хозяйственного упадка Средней Европы. От реформации и крестьянской войны выиграли одни князья. Дворянская и бюргерская оппозиция была надолго парализована боязнью новой крестьянско-плебейской революция. О том, что революционные идеи 1525 г. не были забыты и что опасность нового народного восстания оставалась реальной, свидетельствовало продолжавшееся после крестьянской войны брожение в низах общества.
