В 1940 произошло присоединение Литвы к СССР. В июле 1940 от иностранных дипломатов потребовали покинуть страну. Сугихара, владевший русским языком, сумел договориться с новой властью о месячной отсрочке распоряжения — для завершения дел.
Получив указания японского МИД выдавать визы только тем, кто соответствовал формальным критериям и располагал необходимой суммой денег, Сугихара пренебрёг этими указаниями и выдал гораздо большее количество виз.
С 31 июля по 28 августа 1940 Сугихара занимался только тем, что выдавал визы беженцам. Вскоре у него закончились бланки для виз, и он продолжал выписывать визы от руки с помощью своей жены. На написание виз он тратил всё своё время, работая по 18-20 часов в сутки. Всего он выписал, по некоторым оценкам, 2139 виз. Учитывая, что виза выдавалась на семью, можно считать, что благодаря ему уехало около 6 тысяч человек. Как подсчитали в наши дни, общее число детей, внуков и правнуков беженцев, спасённых дипломатами Японии и Голландии, превысило 50 тысяч.
Когда Тиунэ и Юкико освободили особняк, закрыв консульство, ещё три дня снимали номер в гостинице и продолжали проставлять визы. Даже сидя в купе поезда на Берлин, все последние минуты он выписывал визы. А когда поезд тронулся, дипломат протянул консульский штамп через окно оставшимся беженцам — и они продолжили процедуру без него, подделывая подпись. На японской границе «сработали» не менее 400 виз с поддельными подписями.
Получившие визы беженцы пересекали советскую границу и ехали через СССР во Владивосток, где садились на японские пароходы и отправлялись в Японию. Большинство из них было отправлено японцами в Шанхай, где они благополучно пережили войну. Часть выехала в другие страны тихоокеанского региона или осталась в Японии.
В Каунасском музее Сугихары, в двухэтажном особняке бывшего японского консульства, экспонируется невиданный в мировой дипломатии документ: правую его половину занимает разъяснение о ненужности визы для въезда на остров Кюрасао за подписью Звартендейка, а на левой половине — транзитная японская виза за подписью Сугихары. Ещё в углу проставлены штампы МИДа Литовской ССР и НКВД СССР (к тому времени Литва уже стала союзной республикой).
