1. Целых пять крестовых походов было предпринято против гуситов — последователей чешского проповедника и национального героя Яна Гуса. Эти военные действия носят общее название «Гуситские войны», которые длились с 1420-го по 1434 гг. Поводом для начала войн стала казнь Гуса, чьи последователи противостояли католикам.
Поражение в этом противостоянии потерпели радикальные сторонники Яна Гуса — «табориты», требовавшие религиозной реформы. Умеренные гуситы («чашники») перешли на сторону католиков. Небольшая часть радикалов объединились в общины чешских братьев, которые существуют в Чехии по сей день.
2. Серия военных кампаний, инициированных Римской католической церковью для искоренения ереси катаров, получила название «Альбигойский крестовый поход» или «Катарский крестовый поход». Движение катаров считалось особо опасной ересью, с которой Рим долгое время боролся с помощью юридических и дипломатических мер, однако безуспешно. В итоге папа Иннокентий III решил применить силу. Альбигойский крестовый поход, длившийся двадцать лет (1209−1229 гг.), стал первым крестовым походом в христианские земли. Во время этого похода были уничтожены по меньшей мере миллион человек.
Итогом похода стала аннексия Францией одного из наиболее благосклонных к катаризму регионов Европы — Лангедока. Созданная для борьбы с катарами папская инквизиция организовала систематические репрессии, которые привели к полному уничтожению движения.
3. На протяжении длительного времени церковь боролась с ересью богомилов, которая зародилась в Х веке в Болгарии и постепенно распространялась в других регионах. В ХIII веке богомильство охватило Боснию, что вызвало тревогу Рима.
Католическая церковь и венгерские короли неоднократно предпринимали против боснийских богомилов крестовые походы начиная с 20-х гг. XIII века. В результате страна была фактически опустошена, множество еретиков уничтожались и избивались, но значительная часть богомилов укрылась в горах и лесах. Таким образом, природа спасла представителей движения от полного истребления. Лишь в середине XV века монахи-францисканцы принудительно обратили боснийских богомилов в католичество.
4. На протяжении нескольких веков католическая церковь подвергала жестоким гонениям последователей средневекового еретического движения вальденсов, которое возникло в XII столетии среди крепостных крестьян и ремесленников Франции и распространилось позднее почти по всей Западной Европе. Вальденсы отрицали право церкви иметь собственность, собирать налоги, не признавали власть пап, что сильно беспокоило католиков.
Папа Сикст IV в 15 веке предпринял против них крестовый поход, однако на этом преследования еретиков не прекратились. На протяжении последующих десятилетий их истребляли тысячами. Религиозная свобода вальденсам была дарована лишь в XIX веке, благодаря чему их общины существуют до сих пор.
5. На протяжении двух лет крестоносцы боролись в Германии против населения региона Штединген — штедингов, которые были объявлены еретиками. Папа Григорий IX поручил епископам Любека, Рацебурга и Миндена проповедовать крестовый поход против штедингов, угрожавших городам Ольденбургу и Бремену. В 1233 году Ост-Штедингия была покорена, а пленные сожжены как еретики.
Тем не менее, окончательно еретики были побеждены спустя год, когда войско крестоносцев встретилось с главными силами Вест-Штедингии. В результате штединги были частично истреблены, частично превращены в зависимых крестьян, и лишь немногим удалось бежать.
