В ночь на 12-е сентября 1905 г. в кормовом погребе «Mikasa», стоявшего на бочке № 11 в военно-морской базе Сасебо, произошёл взрыв пороховых зарядов для 152-мм. орудий. По одним сведениям, погиб 251 человек, по другим 114, получили ранения разных степеней тяжести 343 человека. Корабль сел на грунт на одиннадцатиметровой глубине с незначительным креном на правый борт, спардек броненосца полностью ушёл под воду, но надстройки, мачты и трубы остались на поверхности.
Главными повреждениями корпуса оказалась пробоина длиной около 25 м. в районе кормовой барбетной установки и ещё десять небольших пробоин с обоих бортов в других частях корабля. Следственная комиссия предположила, что, вероятнее всего, корабль погиб от двойного взрыва кормового артиллерийского погреба, вызванного возгоранием боезапаса, и последующей детонации одной из торпед. В ходе разбирательства было установлено, что причиной пожара, воспламенившего заряды в погребе, стала попытка нескольких матросов путём выжигания углеродистых соединений (типа кокса) извлечь из топлива сигнальных ракет спиртосодержащую жидкость на основе метанола. Процесс осуществлялся в небольшой ванночке, случайно опрокинув которую, матросы вылили горящее топливо на закрытый, но не задраенный люк в погреб.
Не обладавшие опытом судоподъёмных работ японцы первую неудачную попытку поднять корабль предприняли уже 25 декабря того же года. Вторая попытка состоялась 16 января 1906 г., третья – 23 июня, но так же безрезультатно. Тогда спасатели приняли решение отказаться от применявшихся ими ранее способов подъёма, и по периметру броненосец окружили частоколом из забитых в грунт свай, после чего зазоры между сваями были заделаны, и из импровизированного сухого дока была откачана вода.
Огромную пробоину зашили стальными листами, после чего «док» 7 августа 1906 г. был заполнен водой. В ремонте «Mikasa» находился свыше двух лет, вернувшись в строй лишь 24 августа 1908 г.
А 3 октября 1912 г. злополучный «Mikasa» опять чуть было не погиб, на этот раз из-за помешательства матроса 3-го класса Н. Хейдзиро, решившего покончить жизнь самоубийством путём подрыва нескольких зарядов пороха в коридоре у носовых артиллерийских погребов, в результате чего опять возник пожар в погребах, но его удалось ликвидировать затоплением отсека.
