Истоки войска относят к XVI веку, когда башкиры добровольно вошли в состав России, сохранив за собой право иметь вооружённые формирования. Достоверно известно об участии башкирских конных полков в сражениях на стороне России со времён Ливонской войны.
Территориально делилось на 16 кантонов, в том числе 11 башкирских и 5 мещерякских. Количество и нумерация кантонов за время существования несколько раз менялась (к 50-м годам XIX в. было уже 28 башкирских кантонов). На службу призывались в возрасте от 20 до 50 лет, от 4-5 дворов поочерёдно выставлялся один человек. В 1847 г. был установлен 30-летний срок службы.
Должностные лица башкиро-мишарского войска комплектовались из представителей башкирских и мишарских феодалов. Они назначались кантонными начальниками и утверждались генерал-губернатором. Чины войска подразделялись на действительные, классные и зауряд-чины. Армейские (подпрапорщик, прапорщик, поручик, капитан, майор, подполковник, полковник, генерал-майор), казачьи (урядник, хорунжий, сотник, есаул, войсковой старшина), действительные и классные чины (от 14 до 12 класса) присваивались царем и военным министром за воинские или особые заслуги.
К зауряд-чинам относились: зауряд-хорунжий, зауряд-сотник, зауряд-есаул, которые присваивались генерал-губернатором. Башкиро-мишарское войско подчинялось генерал-губернатору Оренбургского края.
В случае участия Башкирского войска в походах российской армии оно комплектовало пятисотенные полки, в которых по штатному расписанию предусматривался войсковой имам (полковой мулла). В командный состав башкирского казачьего полка входили 30 человек: командир полка, старшина, 5 есаулов, 5 сотников, 5 хорунжий, квартирмейстер, мулла, 1-2 писаря и 10 пятидесятников.
Перед Отечественной войной 1812 года Оренбургская пограничная укрепленная линия проходила от реки Тобол до Каспийского моря и была разделена на пять дистанций: от Звериноголовской крепости до Верхнеуральска, от Верхнеуральска до Орской крепости, от Орской крепости до Оренбурга, От Оренбурга до Уральска, от Уральска до Гурьева городка. Связь между крепостями поддерживали небольшие промежуточные укрепления — редуты, перед пограничной укрепленной линией на расстоянии 2-7 верст друг от друга стояли укрепления для сторожевых отрядов- форпосты. Каждая крепость имела несколько застав.
Между форпостами непрерывной линией тянулись заграждения из березовых или таловых прутьев. Такая пограничная пограничная служба башкир продолжалась почти триста лет, до 1840—1850 гг., когда с присоединением Казахстана к России границы империи отодвинулись далеко на юго-восток от Башкирии. В 1798—1849 годах башкиры ежегодно выставляли на Оренбургскую пограничную линию 5,5 тысяч человек.
Охрану Оренбургской линии башкирское войско несло за свой счет. Снабжение оружием, одеждой, лошадьми и съестными припасами воинов производилось в порядке «подмоги», которая оказывалась всеми башкирами. Общественная помощь оказывалась также хозяйствам командированных на службу.
Даровитый писатель и знаменитый партизан Отечественной войны 1812 года Денис Давыдов в своих произведениях, описывающих Бородинское сражение, партизанскую войну и заграничные походы русской армии, рассказывает о нерусских народах, участвующих в этих исторических событиях. В прозаическом отрывке «Тильзит в 1807 году» Давыдов пишет о том, что к регулярной армии в арьергард было прислано несколько конных башкирских полков. Давыдов этнографически подробно их описывает: воины одеты в вислоухие шапки, в кафтаны «вроде халатов», на неуклюжих, малорослых лошадях, вооружены стрелами и луками, за что французы прозвали их «северными купидонами». Поэт отмечает традиционное вооружение и снаряжение кочевников, коней степной породы.
В объявлении военного министерства от 8 августа 1812 г. о формировании башкирских полков предлагалось вооружение оставить «употребляемое» и одежду дозволить иметь «по своему обычаю», не требуя единообразия. Давыдов пишет о храбрости «башкирцев» и с военной точки зрения оценивает эффективность их участия в разворачивающихся событиях. После поражения русских под Фридландом и отступления к Неману присланные башкирские полки уже не могли изменить сложившуюся военную ситуацию: «Как было уверять себя в успехе, противопоставляя оружие XV столетия оружию XIX-го и метателям ядр, гранат, картечи и пуль — метателей заостренных железом палочек, хотя бы число их доходило до невероятия!» Опытный воин упрекает военное руководство в том, что оно обманывает себя «несбыточными надеждами». Д. В. Давыдов пишет и о «приключениях с башкирцами», одно из которых с добродушной иронией передает.
Он был непосредственным свидетелем забавного случая: в плен взяли французского подполковника, большой нос которого был насквозь пронзен стрелою. Когда лекарь собирался распилить стрелу надвое, то башкир, узнавший свою стрелу, схватил лекаря за обе руки и предложил ее вынуть по-другому. Давыдов приводит диалог, с характерным обращением башкира к русским: «”Нет, <…> нет, бачка, не дам резать стрелу мою; не обижай, бачка, не обижай! Это моя стрела; я сам ее выну”. — “Что ты врешь, — говорили мы ему, — ну как ты вынешь ее?” — “Да, бачка! возьму за один конец, — продолжил он, — и вырву вон; стрела цела будет”. — “А нос?” — спросили мы. — “А нос? — отвечал он, — черт возьми нос!..” Можно вообразить хохот наш». Писатель замечает, что француз, не понимая русского языка, догадывался, о чем идет речь, и умолял отогнать башкира, что было и сделано. Давыдов иронически замечает, что «французский нос восторжествовал над башкирскою стрелою».
В Бородинском сражении, в партизанской войне и в заграничном военном походе 1813–1814 гг. принимали участие башкирские, тептярские, мишарские полки, о чем и упоминали в своих произведениях русские офицеры-писатели. Денис Давыдов в «Дневнике партизанских действий 1812 года» приводит рапорт Барклая-де-Толли о Бородинском сражении, в котором упоминается Уфимский полк, особенно отличившийся: один из его батальонов совместно с Восемнадцатым егерским полком по приказу генерала Ермолова бросился на захваченный французами редут Раевского и выбил их оттуда.
А. Ф. Раевский в своих «Воспоминаниях о походах 1813–1814 годов» проводит мысль о том, что Россию отстаивали вместе с русскими и другие народы страны. В разгроме наполеоновских войск принимала участие армия, в ряды которой, наряду с костромскими, рязанскими, нижегородскими полками, входили башкирские, тептярские, калмыцкие: «Всего страннее, как замечали жители, было видеть в числе мстителей за свободу, независимость и благосостояние Европы обитателей берегов Урала и моря Каспийского…
Башкирцы, калмыки, тептеряки и другие племена… разделяли святой подвиг брани народной; и они смиряли дерзость просвещенных французов». Раевский отмечает, что Наполеон, отступая, распространял среди немецкого населения слухи о приходе русских «варваров», которые «питаются неприятелями» и особенно «охотники до детей»: «По сказаниям Наполеона они (жители Лигницы) ожидали видеть диких варваров, и, к удивлению, встречают приветливых, добрых друзей». Европейцев, в частности, немцев, удивили одежда и вид башкир, но «невинное простосердечие сих людоедов рассеяло совершенно всякое сомнение». Автор «Воспоминаний» описывает вход в Гамбург башкирских полков, которые, одержав победу, надели свой национальный праздничный наряд: «Мы сами удивились опрятности и чистоте их одежды, которую берегли они только для случаев торжественных. Белые кафтаны и красные шапки в сомкнутых рядах нескольких полков представляли новое, но довольно приятное зрелище».
«Первый ратник Московского ополчения» С. Н. Глинка в «Записках о 1812 годе» замечает, что русские офицеры-писатели, как очевидцы и непосредственные участники военных сражений, «не сочиняли», а «излагали», как проходили события: он пишет о патриотическом подъеме, свойственном всем народам Российского государства: «Не токмо стародавние сыны России, но и народы отличные языком, нравами, верою и образом жизни… и те наравне с природными россиянами готовы были умереть за землю русскую. Мордва, тептяри, мещеряки, черемисы ревностно и охотно шли на службу; башкирцы оренбургские сами собой вызывались и спрашивали у правительства, не нужны ли их полки». С. Н. Глинка утверждает, что «народы кочующие», «составляющие» Россию, были готовы умереть за отечество. В произведении возникает разговор Наполеона с начальником продовольствия Лесепсом, который не может получить от русских мужиков продовольствия для армии. Лесепс говорит о многоплеменном составе российской армии: «…в русских полках есть и татары, и мордва, и черемисы, и чуваши: это обыкновенный ход службы». Пожар Москвы Наполеон приписывает тата-рам, которых якобы правительство призвало на помощь, а они все опустошают. Военачальник разуверяет в этом своего полководца: русское правительство не могло призвать откуда-то со стороны «никакого цело-го племени татар», так как и они тоже — часть русской армии. Ф. Н. Глинка в «Очерках Бородинского сражения» неоднократно утверждает, что русская армия состояла «из всех народов и племен России».
Писатель особо отмечает многонациональный состав наполеоновской армии, которой противостояла также многоплеменная российская. «На девяти европейских языках раздавались крики: соплеменные нам, по славянству, уроженцы Иллирии, дети Неаполя и немцы», служившие в наполеоновской армии, дрались не только с «подмосковною Русью», но и с «уроженцами Сибири, соплеменниками черемис, мордвы, заволжской чуди, калмыков и татар». В Париже тоже было русское воинство, в составе которого были и российские нерусские народы: как пишет Ф. Н. Глинка, «коня степного на Сену пить водил калмык» и «в Тюльери у часового сиял, как дома, русский штык».
В литературно-художественном сознании XIX в., в произведениях русских писателей-офицеров об Отечественной войне идет процесс осознания России как многонационального отечества, народы которого вместе с русскими отстаивали его свободу и независимость.
