За два месяца до погрома в небольшом городке Дубоссары исчез, а потом был найден убитым четырнадцатилетний подросток Михаил Рыбаченко. Единственная ежедневная кишинёвская газета «Бессарабец», возглавляемая известным антисемитом П. А. Крушеваном, стала обсуждать возможную ритуальную подоплеку этого убийства и занялась перепечаткой циркулирующих среди населения Дубоссар слухов, поддерживающих эту версию. В частности, сообщалось, что труп был найден с зашитыми глазами, ушами и ртом, надрезами на венах и следами верёвок на руках. Выдвигалось предположение, что подросток был похищен и обескровлен евреями с целью использования его крови в каком-то ритуале. В одной из статей писалось, что один из убийц-евреев был уже пойман и рассказал о деталях преступления.

Статьи вызвали волнения среди жителей города и усилили существовавшие предрассудки и суеверия против евреев. Появились опасения, что подобное убийство может произойти и в Кишиневе. По требованию следователя, установившего к тому времени отсутствие ритуального характера убийства (настоящие убийцы — мальчика убил его дядя из-за наследства — были найдены позднее), в «Бессарабце» было опубликовано официальное опровержение напечатанных ранее домыслов. Приводились результаты вскрытия, показавшего, что подросток погиб от множественных колотых ран, а не от кровопотери, отсутствие надрезов, швов на глазах и т. п. Опровержение помогло прояснить обстановку, но не успокоило волнения — многие горожане сочли его попыткой скрыть преступление под давлением евреев.

Тем временем, в городе прошёл слух, что царь лично издал секретный указ, разрешающий грабить и избивать евреев в течение трёх дней после Пасхи.

За неделю до праздника в общественных местах города появились листовки, которые повторяли напечатанную ранее в «Бессарабце» антисемитскую клевету и призывали добропорядочных христиан к действиям против евреев.

В воскресенье днём 6 (19) апреля 1903 года из толпы, собравшейся на площади, полетели первые камни в прилегающие еврейские дома, началось разорение лавок и магазинов, но к вечеру всё затихло и ночь прошла спокойно. Полиция арестовала 60 человек. На улицы вывели воинские патрули из гарнизона, но никаких приказов солдаты не получили. Кишинёвский губернатор фон Раабен и прочие высшие должностные лица своим бездействием фактически поощрили продолжение погрома.

На следующий день 7 (20) апреля в Кишинёве разгорелся кровавый погром, сопровождаемый грабежами, поджогами и убийствами. Весть о начале беспорядков в городе быстро достигла предместий. Бездействие полиции и властей местные жители восприняли как негласное разрешение на расправу с соседями-евреями.

Евреи, почувствовав растерянность власти, решили прибегнуть к самозащите. По отчёту царского прокурора Горемыкина, расследовавшего погром, сопротивление евреев и защита ими своей собственности привели к разгулу дикой вакханалии. Солженицын цитирует в своей книге отчёт прокурора: “В разных частях города многочисленные партии, человек в 15-20 христиан каждая, почти исключительно чернорабочих, имея впереди себя мальчиков, бросавших в окна камни и кричавших, начали сплошь громить еврейские лавки, дома и жилища, разбивая и уничтожая находящееся там имущество. Группы эти пополнялись гуляющим народом…”0

В ходе погрома было убито около 50 человек, искалечено около 600 (различных национальностей), повреждено около 1/3 всех домостроений города.